Агенту ЦРУ Джейсону Борну приказывают убить бывшего лидера Африки Никвана Вамбози. Но противник обнаруживает местоположение руководителя проекта Александра. Расклад сил меняется, и уже Джейсон становится мишенью. Чтобы спастись, он должен немедленно спрятаться, предварительно уничтожив преследующего его убийцу. Расправившись с киллером, герой решает закончить миссию. Облачившись в водолазный костюм и взяв оружие, он прокрадывается в порт. Там идет подготовка к отплытию катера Никвана. Чтобы незаметно попасть на судно, Борн поджигает хранившееся неподалеку горючее. Добраться до цели ему мешает Соломон, помощник Вамбози. Одержав победу в сложной схватке, перебив практически всю команду, отключив охранную систему и оказавшись на центральной палубе, Джейсон замечает, что на борту дети Вамбози. Он понимает, что не сможет застрелить его. На мгновение замешкавшись, Борн с пулей в спине оказывается в Средиземном море. Проходит 2 дня…
Несмотря на наличие мощногоогнестрельного оружия (по 2 вида пистолетов и автоматов, пулеметы, дробовики), главная ценность – красочные сцены рукопашного боя. Джейсон способен нанести повышенный урон, выполнив комбо, произвести удар в живот или голову, ударить сразу нескольких противников, совершать смертельные выстрелы. Герой наделен сверхинтуицией, которая является подсказкой, определяет маршрут и дальнейшие действия.